Alle problemen begonnen namelijk met de uitspraak van de Raad van State. In de uitspraak werd Programma Aanpak Stikstof ( PAS) afgeschaft. Na een aantal prejudiciële vragen van de Raad van State aan het Europese Hof, werd de conclusie getrokken dat de onderbouwing van PAS niet deugde. Het PAS geeft namelijk een algemeen beoordelingskader op basis waarvan vergunningen verleend worden voor activiteiten die in verband staan met stikstof, terwijl artikel 6 van de habitatrichtlijn het heeft over een ‘passende beoordeling’, dit lijkt dus een individuele beoordeling te vereisen. Het Europese hof oordeelde dat alleen onder strenge voorwaarden het PAS verenigbaar is met de richtlijn, waarbij de nationale rechter een grondige toetsing van de wetenschappelijke kwaliteit van een beoordeling dient toe te passen. De Bestuursafdeling heeft dus veel strenger geoordeeld dat het Europese hof.

De grootste motivering van de Bestuursafdeling was dus dat het PAS gebaseerd was op een slechte onderbouwing, als we nu kijken naar de nieuwe plannen van het kabinet, kunnen we wel stellen dat de nieuwe plannen zeker geen verbetering zijn. Het nieuwe stikstofbeleid is namelijk een gebaseerd op stikstofberekeningen en modellen die zo onzeker zijn dat je er geen beleid op moet willen baseren, dit zeggen verschillende wetenschappers, juridisch deskundigen en advocaten die uitgenodigd waren door de Tweede Kamer. Het model kent onzekerheidspercentages van maar liefst 70 tot 100 procent, het is gewoonweg onverantwoord om hier een beleid op te baseren.